La série est diffusée en France depuis le 3 mars 2004 sur M6, au Québec depuis le 2 janvier 2006 surHistoria, en Belgique sur RTL-TVI et en Suisse sur la TSR1. C'est la série télévisée la plus regardée aux États-Unis.
C'est une série dérivée de la série JAG. En effet, les personnages de Gibbs, DiNozzo, Abby et Ducky font leurs premières apparitions dans les épisodes 20 (La dame de glace) et 21 (L'homme de l'ombre) de la saison 8.
Le Naval Criminal Investigative Service est une agence fédérale américaine rattachée aux corps armés de la Navy et des Marines. Chargée de faire respecter la loi au sein de ceux-ci, elle effectue aussi du contre-espionnage, de la lutte anti-terroriste ou de la lutte anti-drogue aux frontières.
À Washington, D.C., une MCRT (Major Case Response Team, Équipe d'Intervention des Cas Majeurs) dirigée par l'agent spécial Leroy Jethro Gibbs enquête sur les crimes.
On peut noter plusieurs arcs narratifs au cours de la série.
Saison 1 :Le fil rouge de la saison 1 démarre lorsqu'un terroriste prend Ducky, Gérald et Kate en otage (1×16). Dès lors, Gibbs le traquera (on peut voir que son ordinateur recherche toujours une correspondance avec certains terroristes connus dans plusieurs épisodes suivants) jusqu'à l'épisode final où il découvrira l'identité de cet homme : Ari Haswari. Mais là se posera un autre problème : Ari est un agent double, protégé par le FBI.
Saison 2 :Le fil rouge de la saison 2 s'inscrit dans la suite de celui de la première saison concernant Ari. Cependant, ce personnage se fait plus discret dans l'intrigue. Il réapparaît lors de l'épisode final pour tendre un piège à l'équipe et tuer l'un de ses membres.
Saison 3 :Dans la saison 3, il n'y a aucun fil rouge, ou peut-être seulement l'histoire de l'assistant d'Abby. L'intrigue « Ari » se termine au début de celle-ci.
Saison 4 :Le fil rouge de la saison 4 concerne Tony et Jeanne, sa nouvelle petite amie avec qui il semble avoir une relation sérieuse. Ce fil rouge est très apparent (quasiment tous les épisodes). Il y a un second fil rouge disséminé dans cette saison, qui porte sur un trafiquant d'armes, La Grenouille, envers lequel Jenny (la directrice du NCIS) semble avoir une ranc½ur et contre lequel elle a placé Tony sous couverture. L'épisode final relie les deux affaires, révélant au téléspectateur le lien existant entre Jeanne et La Grenouille.
Saison 5 :La saison 5 reprend le fil rouge de la saison 4 où il s'était arrêté, uniquement pour les deux premiers épisodes, qui clôturent cette histoire. Cette histoire est mentionnée dans le 5×02 car Tony a du mal à se remettre de ce qui s'est passé. La question de la santé de Jenny est également un thème repris dans plusieurs épisodes.
Saison 6 :La saison 6 installe un nouveau fil rouge dès le premier épisode. Il concerne la présence d'une taupe au NCIS. Alors qu'on pense cette affaire résolue, on découvre qu'il n'en est rien et que la taupe n'est autre que l'agent Lee. Ce fil rouge est cependant bouclé assez rapidement et laisse place à un arc narratif centré sur Ziva, se terminant pour cette saison par son retour en Israël.
Saison 7 :La saison 7 clôt tout d'abord le fil rouge centré sur Ziva et en installe un nouveau, cette fois concernant une vengeance du Colonel Bell, évadé de sa prison au Mexique dans le 7×11. Une avocate liée à lui mettra des bâtons dans les roues de Gibbs. Au final Bell s'en prend aux proches de Gibbs, et lorsque celui-ci se rend au Mexique pour protéger Mike, il découvre Bell, tué par son bras droit : Jason Paul Dean. Gibbs est donc enlevé et emmené à Paloma Reynosa et Alejandro Riveira, frère et s½ur, qui ne sont autres que les enfants de Pedro Hernandez, l'assassin de Shannon et Kelly que Gibbs a tué. Ils réclament vengeance et menacent Gibbs de s'en prendre à ses proches s'il n'obéit pas. C'est en quelque sorte leur taupe, comme le fut l'Agent Lee en saison 6. Mais au final, Paloma va vraiment s'en prendre à l'un des proches de Gibbs, le fil rouge continuant en saison 8.
Saison 8 :Le premier épisode de la saison 8 clôt le fil rouge de la saison 7 mais en installe un nouveau à la fin de l'épisode quand Leon Vance reçoit un message du père de Ziva et directeur du Mossad, Eli David qui dit : « Je l'ai trouvé » ("I Found Him"). Plus tard dans la saison, l'équipe de Gibbs va se trouver face à un tueur en série appelé « Port-to-Port Killer » (Le tueur de Port à Port). Pour traquer ce psychopathe, le casting de la série s'élargit à une seconde équipe récurrente du NCIS.
Cette série de fiction met en scène une équipe du N.C.I.S. commandée par l'agent spécial Leroy Jethro Gibbs.
Ces agents spéciaux enquêtent uniquement sur des crimes ayant un lien avec le personnel de la Marine des États-Unis, y compris le Corps des Marines des États-Unis qui lui est administrativement rattaché.
L'équipe a changé plusieurs fois de composition suite à la mort de plusieurs agents et aux blessures de l'assistant de Ducky, Gerald Jackson. Elle s'enrichit par ailleurs de nouveaux agents comme Timothy McGee ou Ziva David. Cependant, Jethro Gibbs, le chef de l'équipe, et l'agent Anthony DiNozzo ainsi que le docteur Mallard sont présents depuis le début de la série.
En 2003, la chaîne de télévision américaine CBS décide d'introduire de nouveaux personnages dans les épisodes 20 et 21 de la saison 8 de la série JAG.
La chaîne pose un ultimatum : si ces deux épisodes attirent un public important, les nouveaux personnages présentés auront droit à être mis en scène dans une autre série télévisée dérivée. Ces deux épisodes remportent un fort succès, c'est pourquoi la chaîne CBS signe un contrat pour la création d'une nouvelle série télévisée, néanmoins elle rachète ce contrat ainsi que les droits d'utilisation. La série NCIS : Enquêtes spéciales voit donc le jour de cette manière.
Les acteurs présents dans ce spin-off sont Mark Harmon qui joue le personnage de Jethro Gibbs, Michael Weatherly qui incarne le personnage de l'agent spécialAnthony DiNozzo, David McCallum qui interprète le docteur Donald Mallard, Pauley Perrette qui joue Abby Sciuto et Alan Dale qui interprète le personnage du directeur Tom Morrow. L'actrice Robyn Lively est aussi présente dans ces deux épisodes dans lesquels elle incarne le rôle de l'agent du NCIS Vivian Blackadder, mais la chaîne de télévision CBS prend la décision de ne pas la garder.
Dans ce double épisode, il y a une atmosphère un peu différente de celle que l'on connaît aujourd'hui dans la série. En effet, les personnages présentés ont des caractères dissemblables de ceux des personnages actuels, notamment le docteur Mallard qui y est présenté comme un « Dom Juan ». Il n'hésite pas, et ce à plusieurs reprises, à inviter l'agent Blackadder à dîner au restaurant, ce qui ne correspond pas au vrai caractère de Donald Mallard qui ne demanderait jamais cela àCaitlin Todd ou même à Ziva David.
Néanmoins les personnages de Anthony DiNozzo, de Abby Sciuto et du directeur Tom Morrow ressemblent beaucoup à ceux que l'on connaît. Quant à l'agentLeroy Jethro Gibbs, il est un peu différent dans NCIS : Enquêtes spéciales : dans les épisodes de JAG, son personnage apparaît moins sévère avec ses collègues (excepté avec Vivian Blackadder). Jethro Gibbs y est bien présenté comme le chef d'équipe mais l'on voit bien que son rôle a évolué pour la série.
Il faut aussi ajouter que les bureaux du NCIS ont été modifiés pour la série, en effet le MTAC n'est pas situé au-dessus des bureaux de Gibbs mais ailleurs, le laboratoire d'Abby est plus grand et les couleurs des murs sont différentes.
Pour cette introduction dans JAG, il a fallu trouver un scénario et la mort de Loren Singer, officier du JAG incarnée par Nancy Chambers, a servi comme élément déclencheur pour une enquête. Dans ces deux épisodes apparaît aussi l'avocate Faith Coleman (jouée par Alicia Coppola) que l'on peut revoir dans NCIS : Enquêtes spéciales.
Ces deux épisodes ont permis à la chaîne CBS de voir l'atmosphère générale que dégageaient les nouveaux personnages présentés, ceux-ci ayant pour certains évolué par la suite, et ont décidé la chaîne à en faire une série à part entière.




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